Un demi-siècle a passé depuis les événements relatés par Guerrilla et la fin du joug de l'Earth Defense Force. Mars est peut-être libre, mais un danger bien plus grand menace aujourd'hui la planète rouge. Le Terraformeur qui offre à la planète une atmosphère équivalente à celle de la Terre a été détruit. Des tornades et des orages d'une puissance hors du commun ravagent désormais les canyons ocres poussant les colons à se réfugier dans les sous-sols de la planète. C'est dans ce contexte plutôt sombre que l'on rencontre le nouvel héros de cet épisode, Darius Mason, qui n'est autre que le petit-fils d'Alec (que l'on incarnait dans Guerrilla). Triste hasard, le bougre va déclencher sans le vouloir une sérieuse apocalypse en libérant un fléau séculaire : des hordes de bestioles aussi bien élevées et paisibles que des Zergs mal réveillés. Bien entendu, c'est maintenant à nous que va revenir la lourde tâche de nettoyer tout ce bazar.